Năm 2003, sau cuộc xâm chiếm của Mỹ và Anh, Iraq bị các lực lượng đồng minh chiếm đóng. Ngày 23 tháng 5 năm 2003, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc nhất trí thông qua một nghị quyết dỡ bỏ trừng phạt kinh tế chống Iraq.

Khi đất nước đang phải gắng sức xây dựng lại sau 3 năm chiến tranh và hàng thập kỷ trừng phạt quốc tế, nó lại bị tàn phá bởi tình trạng bạo lực giữa các nhóm nổi dậy Iraq đang ngày càng lớn mạnh và những lực lượng chiếm đóng. Saddām Hussain, biến mất từ tháng 4 đã bị bắt vào ngày 13 tháng 12 năm 2003.

Chính quyền lâm thời ban đầu của Mỹ do ông Jay Garner đứng đầu đã được thay thế vào tháng 5 năm 2003 bởi ông L. Paul Bremer, tới lượt ông này lại được John Negroponte thay thế ngày 19 tháng 4 năm 2004, Negroponte rời Iraq năm 2005. Negroponte là người đứng đầu chính phủ lâm thời cuối cùng của Mỹ tại Iraq.

Chủ nghĩa khủng bố xuất hiện và trở thành một mối đe doạ đối với người dân Iraq ngay sau khi cuộc xâm chiếm năm 2003 diễn ra. Al Qaeda hiện đã có mặt tại nước này, dưới hình thức nhiều nhóm khủng bố do Abu Musab Al Zarqawi lãnh đạo. Nhiều chiến binh nước ngoài và những thành viên cũ của đảng Ba'ath cũng gia nhập vào lực lượng nổi dậy, mục tiêu chính của họ là tấn công các lực lượng Mỹ và những người Iraq hợp tác với Mỹ. Vùng hoạt động mạnh nhất của các nhóm nổi dậy là Tam giác Sunni, một vùng có đa số dân người Hồi giáo Sunni ở phía bắc Baghdad.

Sự rút quân của liên minh

Vài ngày sau những vụ tấn công ngày 11 tháng 3 năm 2004 vào Madrid, chính phủ trước chiến tranh tại Tây Ban Nha sụp đổ. Cuộc chiến bị dân chúng phản đối mạnh mẽ và chính phủ Xã hội lên nắm quyền với cam kết rút quân đội khỏi Iraq. Tiếp sau đó, nhiều quốc gia khác từng tham gia vào Liên minh tự nguyện bắt đầu xem lại vai trò của mình. Hà Lan từ chối đề nghị của Hoa Kỳ giữ quân ở lại Iraq sau ngày 30 tháng 6. Hàn Quốc vẫn giữ quân đội ở lại.

Ngay sau những quyết định rút quân vào mùa xuân năm 2004, Cộng hoà Dominica, Honduras, Guatemala, Kazakhstan, Singapore, Thái Lan, Bồ Đào Nha, Philippines, Bulgari, Nicaragua và Ý cũng rút quân hay đưa ra kế hoạch rút quân. Các nước khác (như Australia, Đan Mạch và Ba Lan) tiếp tục giữ quân đồn trú tại Iraq.

Ngày 28 tháng 6 năm 2004, thời gian chiếm đóng chính thức chấm dứt khi liên minh do Mỹ đứng đầu chuyển giao quyền lực cho chính phủ lâm thời do Thủ tướng Iyad Allawi lãnh đạo. ngày 16 tháng 7 năm 2004, Philippines rút toàn bộ quân đội khỏi Iraq để thoả mãn những yêu cầu của những kẻ khủng bố đang bắt giữ một công dân Philippine là Angelo de la Cruz làm con tin. Nhiều nước khác cũng đã thông báo những kế hoạch rút quân hay cho rằng họ sẽ xem xét về một kế hoạch như vậy nếu Liên hiệp quốc thông qua một nghị quyết trao thêm chủ quyền cho Iraq.

Chính phủ Iraq đã chính thức yêu cầu sự giúp đỡ (ít nhất) từ phía quân đội Mỹ cho tới khi có sự thay đổi khác.

Ngày 30 tháng 1 năm 2005, Cuộc bầu cử quốc hội Iraq đã diễn ra. Xem: Bầu cử cơ quan lập pháp Iraq, tháng 1 năm 2005.